! fastaFromBed -fi /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa -bed /Volumes/web/trilobite/Crassostrea_gigas_v9_tracks/Cgigas_v9_exon.gff -fo /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons.fa
! head /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons.fa
>C16582:34-385 TCAGTTCGTTAGCGCAACCAATGCTTCCACAACGTCCCCATTGTGTTCTCGTAATGTCCGTTCAGCTATTTGTCTTGTTATTTCCATTTCCGCTACAATCAAATCAACATCTTCTTTGTTTATTTTTACTTTTGCTAGTTCCCGCTCCCTTTCCTGTTTTTTAGCCCTCTCTTTTGTTTTCCGGTCACTCATTGCTTTCATAGCATCTCCTATGCTTTGTGCCGAAATTTCCTTTTCTTCAACATAATCGGTGACCTTTTCAAGATCTCTTGCACCCGAATCATGCTTCTTTGTCTTAATTTCCGTTGATTCTTCCACTTCGATTTGAGGGTCTTCCTCAGTGTTCGCCAT >C17212:30-363 ATGTATGGAGTGATGAATTCCAATATCCATGAACACATAAACAACAGTATCATGAAATGTGATGTGGATATCCATGAAGACATGTTCTCTAACATTGTGTTATCTGGAGGTTCAACCATGTTTCCAGGTATAGCCGATCGTATGCAGAAAGAAATCACAGCACTTGCTCCAAGCTCTATTAAAGTCAAAATCATTGCTCCACCCGAGAGGAAATACTCCGCCTGGATTGGAGGATCCATCCTGGGTTCTCTCTCCACTTTCGAAGATATGTGGATCAGCAAAGAGGAATACGATGAAAATGGTCCCTGCATTGTTCACAAGAAGTGCTTCTAA >C17316:29-257 ATGGCGTTTACTACACGGGATCAGGATGATGACAGGTGGAGCGGCGGAAACTGTGCCACCGACTGGGGTTCCGCTGGGTGGTTCAATATATGTTTCAAGGCCAACCCTAATGGACAGTATATAGACTTTGAGAAGACAAATGATCCTAAATACCTTGTATGGTATCACTGGAAAAACTCGTGGGTGTCTCTGAAATCGATGAAATTGATGATTCGTCCTCGAGCTTGA >C17476:103-257 CCATTTCCTTCACATAATCTTCCAATTTCTGCAGGGCCCTTTTTTCGGAATCCATTTTCCCCTCCATCCGTCTGCCGATGACATCTTTCAGAAAAAGTATTCCAGGTTCGAAAATAAGGGAAAAGTTTATGGCCAAAGGAAAGTCCCCGTACAT >C17476:33-74 TTACACGATATTGCAGCTAAATTGTAGGCCAAGATAACGCT
! wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons.fa
393382 393382 42400218 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons.fa
! wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons_nucleotides
196691 196691 37121309 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Exons_nucleotides
# The number of nucleotides for Exons is 37121309
! fastaFromBed -fi /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa -bed /Volumes/web/trilobite/Crassostrea_gigas_v9_tracks/Cgigas_v9_intron.gff -fo /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Introns.fa
! head /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Introns.fa
>C17476:74-103 CTTTAGAAAACAATAGATATAATATTTAC >C19392:183-451 GTGAGCTTAGAAGGCACACTTTATTCTATTGTGATGACAGTGTATACCTTTATAGCTTTACGCATTATAGCAGTGATGACTGTTACTTTAGACTTGAAGCTTCAGACCATTAGTATTGTATGATGCAAGTGTCAAGTGACTTGGAGATTTAGTAATAGTAGTCAATATTAAATACATGCATGTGAAATTGTAGGTAAATTTTTTTGTTCAATCCAGTTAAGTGTAATTTTTATATTTTTTTTTAATCCATATATGTTGATTGTTCCAG >C20262:538-641 CTGCAGCAAAATACACAATTTTATAAAGAATTAATTTGTCAATAAATGGGTTTCAGAAATGATATATATTTTAAGTAAAATACTGCATTATACATTGTTGTAC >C20262:649-871 CTAATTTGAACAATTTCAACTATTTATACATTTATATTACCGTTTCTCGCATACTATTAGTTATTCAGGTCCAATCCACAGGCACCTGACGTTATATGTTTTTCTCATAATAAAAAAACATCCTATATCTAATAAAACATATAGAATTGATAAAAAAATTAACCTACCATTTTTTTCTGATAATGAGAATTGTGACCGATATGACATATATTTTACACGCAC >C20334:523-867 CTAAAATTGTAAAATATTTCCACAATATCAGAGTAAAGGAACTACATTTTGGAACAAATATTGCAGAATTTTTAAATTCTGCACAATTTATACAAATGTGCTTTATTTTAAATATGAGAGATGCAATCTGCAAATTGTAATGAATTGCATATTGCAACTGAAAGGTCATAAGGGAAAATTTTACTCAGTTTAATTTACACATGTATGAGAAAGATACATGTATCTAGATATACCATAGTTATATGTACATATGTGTTATATACGAGTTGCTGCCTTTAGCCCTTCACTAACCGAATATCCAAGATGACTCTATTTGTTGGATGAATAGTTCAATGAAAACTTAC
!grep -Ev '>' /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Introns.fa > /Users/claireellis/Desktop/Introns_nucleotides
! head /Users/claireellis/Desktop/Introns_nucleotides
CTTTAGAAAACAATAGATATAATATTTAC GTGAGCTTAGAAGGCACACTTTATTCTATTGTGATGACAGTGTATACCTTTATAGCTTTACGCATTATAGCAGTGATGACTGTTACTTTAGACTTGAAGCTTCAGACCATTAGTATTGTATGATGCAAGTGTCAAGTGACTTGGAGATTTAGTAATAGTAGTCAATATTAAATACATGCATGTGAAATTGTAGGTAAATTTTTTTGTTCAATCCAGTTAAGTGTAATTTTTATATTTTTTTTTAATCCATATATGTTGATTGTTCCAG CTGCAGCAAAATACACAATTTTATAAAGAATTAATTTGTCAATAAATGGGTTTCAGAAATGATATATATTTTAAGTAAAATACTGCATTATACATTGTTGTAC CTAATTTGAACAATTTCAACTATTTATACATTTATATTACCGTTTCTCGCATACTATTAGTTATTCAGGTCCAATCCACAGGCACCTGACGTTATATGTTTTTCTCATAATAAAAAAACATCCTATATCTAATAAAACATATAGAATTGATAAAAAAATTAACCTACCATTTTTTTCTGATAATGAGAATTGTGACCGATATGACATATATTTTACACGCAC CTAAAATTGTAAAATATTTCCACAATATCAGAGTAAAGGAACTACATTTTGGAACAAATATTGCAGAATTTTTAAATTCTGCACAATTTATACAAATGTGCTTTATTTTAAATATGAGAGATGCAATCTGCAAATTGTAATGAATTGCATATTGCAACTGAAAGGTCATAAGGGAAAATTTTACTCAGTTTAATTTACACATGTATGAGAAAGATACATGTATCTAGATATACCATAGTTATATGTACATATGTGTTATATACGAGTTGCTGCCTTTAGCCCTTCACTAACCGAATATCCAAGATGACTCTATTTGTTGGATGAATAGTTCAATGAAAACTTAC CTAAAAAAAACACCAAACAGCTTTGCATCCGCTATGATGGTATGATTAAGAGTTTATAAAAATTTTAAAAACGATTTTCCCTCATCTTTGAACTGCTTTACTAATGTTTTTTAGATTTGTTGTGTTGGTGAAACTACTACTAAGTATTTGATTGGTTTTAATTAATATTTCATTAGCAGCTGAAAACATTTTTAC CTGATAAAAGAACAAAAAGAAAACTCTAATATATTCGTAGCAACTTTATCAAGAAATCATAAAGTATTATGCAAACAATTACAATAATATTAATGAAGAAATAAACGAGAATGACCAACAGCAATAACAAAAACAAAGTAAATCTTTATTTACATCGATAATTATATCAAAAAAATGTTTAACATGATTGTTACAAAATTATTAAAATTATTAACCATTAAGACTTTTTTCAGCTGACTTAC GTATAATATACAAGTACATTAACAACGTTCAGTTTGCTGTTTCTTTGTATTTTAATAATGTGTAACAATAGATAAGTCATTTGAAGTGACATGATGATTTCTGAATAAAATTGCTTTTACCTTTTCATGTACATGTTAATCATCATCTATCGCAAAACAATCTGAACTTAATTCCTTCATTTGGATACATGATTGCTTTAATGTTGTTAAAATTATATACAG GTAAACACACACAATTATATCGTATCAGAGTTTTGAATTACACTTTGAATTAATTTTGAATTATTTGAATATCTAGTAGGTATAAATTGATATGATTTTACATGTACATTATTTTATTATAG GTAAGTTTAATATATTGTATTTTCTTATTTAAAGTAACAGACAATATTATTGGTACTGTAAATAATAAATAATGTATTTCAATTTCCATGTGTTTCTCGAAAAATTCTCCTGAGTTTAGTATTTTCTTATTTTAATATAACAAATTGATACTGTACGCAATACATAATATTTATTAAATAATGTATGTCTATTTTCATGCATCCATTTGTTTCTCAAAAAATTCATGTATCTGAATTTTTCTACAG
! wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Introns_nucleotides
176049 176049 188472529 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Introns_nucleotides
# The number of nucleotides for Introns is 188472529
! fastaFromBed -fi /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa -bed /Volumes/web/trilobite/Crassostrea_gigas_v9_tracks/Cgigas_v9_TE.gff -fo /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/TEs.fa
!grep -Ev '>' /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/TEs.fa > /Users/claireellis/Desktop/TEs_nucleotides
! head /Users/claireellis/Desktop/TEs_nucleotides
GGTTTACTTTCGGTTTACTCGGGGTTTACTTTCGGTTTACTCGGGGTTTACTTTCGGTTTACT ATTTTCTGATATCAGAAAATGATTTTTTGATATCAGAAAATGATTTTCTGATATCAGAAATTGAAACTGATTTTTTGATATCAAGAATTATATTTTCTGATATCAGAAA ATTTTCTGATATCAGAAAATAGATTTTCTGATATCAGAAAATGTAAATGATTTTTTGATATCAAAAAATGATTTTGTGATATCAAGAATTCGATTTTTTGATATCAAAAAATGATTTTCTGATATCAAGAATTCAATTTTTTGATATTAAAAAATCAACTTTAATTCTTGATATCAAAAAATCTATTTTGTGATATCAGAAAATAATTTTTTGATATCAAGAATTCGAATTTGTGATATCAAAAAATGATTTTCTGATATCACAAAATAGATTTTTTGATATCAAGAATTAATTTTTGATATCAAGAATTATTTTTTGATATCAAAAATTCGAATTATTGATATCAAATATTTATTTTTTGATATTAGAAAATA ATTTTCTGATATCAGAAAATAGATTTTCTGATATCAGAAAATGTAAATGATTTTTTGATATCAAAAAATGATTTTGTGATATCAAGAATTCGATTTTTTGATATCAAAAAATGATTTTCTGATATCAAGAATTCAATTTTTTGATATTAAAAAATCAACTTTAATTCTTGATATCAAAAAATCTATTTTGTGATATCAGAAAATAATTTTTTGATATCAAGAATTCGAATTTGTGATATCAAAAAATGATTTTCTGATATCACAAAATAGATTTTTTGATATCAAGAATTAATTTTTGATATCAAGAATTATTTTTTGATATCAAAAA CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA TAAATACATCTAAGTGTAAATACATGTAAGTGTAAATGCATCTAAGTGTTAATACATCTAAGTGTA GAAGTACTACAAAGTGCCCGGGGCTGATCCCACAGGCTAAATAAAATCCGGGCTGATCCCAGAGAAGTACTACAAAGTGGCCTGGGCTGATCCCTGCAGGCCTAATAAAACTCTGGGCTGATCCCAGGAGAGTAACGATGGTGCCCAGGGCTGATCCCTGTAGGCAATTTAACTCCGGGCTGATCCCAGGAGTAGCAGCATAACGATGGTGCCCAGGGCTGATCCCTGCAGGCAATTTAACTCTGGGCTGATCCCAGGAGTAGGACAAATGCCTGGGGCTGATCCC TCTCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
! wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/TEs_nucleotides
119787 119787 39534356 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/TEs_nucleotides
# The number of nucleotides for Transposable elements is 39534356
#promoter file had tracks where size = -1 and 0 (~7 total) those were removed, new file created
#this will cause error with fastaFromBed
!head /Volumes/web/cnidarian/Cgigas_v9_1k5p_gene_promoter_g1.gff
C20462 flankbed promoter 1 2 . + . ID=CGI_10000030; 1 C21500 flankbed promoter 1 2 . + . ID=CGI_10000050; 1 C23900 flankbed promoter 1 2 . + . ID=CGI_10000163; 1 C25124 flankbed promoter 1 2 . + . ID=CGI_10000231; 1 scaffold585 flankbed promoter 1 2 . + . ID=CGI_10005534; 1 C23298 flankbed promoter 2188 2189 . - . ID=CGI_10000113; 1 C23426 flankbed promoter 2244 2245 . - . ID=CGI_10000124; 1 C24184 flankbed promoter 2612 2613 . - . ID=CGI_10000181; 1 C24590 flankbed promoter 2811 2812 . - . ID=CGI_10000199; 1 scaffold1340 flankbed promoter 22078 22079 . - . ID=CGI_10001407; 1
!fastaFromBed -tab -fi /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa -bed /Volumes/web/cnidarian/Cgigas_v9_1k5p_gene_promoter_g1.gff -fo /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
!wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
28012 56024 28148853 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
!head /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
C20462:0-2 TC C21500:0-2 CA C23900:0-2 TA C25124:0-2 TT scaffold585:0-2 AC C23298:2187-2189 CT C23426:2243-2245 TG C24184:2611-2613 AG C24590:2810-2812 CT scaffold1340:22077-22079 CT
!grep -Ev 'scaffold' /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa > /Users/claireellis/Desktop/Promoter_nucleotides2
#Deleted column containing "scaffold" and chromosome location
!wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
0 28012 27433172 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Promoter.fa
# The number of nucleotides for Promoter regions is 27433172
! fastaFromBed -fi /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa -bed /Volumes/web/trilobite/Crassostrea_gigas_v9_tracks/Cgigas_v9_COMP_gene_prom_TE.bed -fo /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Other.fa
!head /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Other.fa
>C1:0-100 CGCTAGCGGCAACACTCCAGCAGTATTGCCAAAATGTTACCAGAAGTTGTTGCAGCTAGCGGCAACATTTCACTAGTCTCAAAATCTGGTTTCTGGTAAC >C10003:0-156 ATTTCACCCATAATACATTTTAACCCTGGATGTTTTCGGCCCAATTGTGTATTATTTTTCATTTGGTAGAGAAAAGGTACATGTATAAACTATCATTGAGAATCAATTGGATCAAACCACAATTAATAATTAGTAAAATTTTAAAGTCACTTTTGG >C10005:0-156 TTTTTCTAATCAATCATTAACAAACACACTTTTTAAGTCAAAGGCAAAACAAAACACGCATTGGTTTGTAACTGTTAGGGAAAATGTGGGTTTGTTAAAGTCTCAAGAAAGTTAGACTTCACACTAAGCTTCATTAATTTGATTAATTTTTGCTAA >C10007:0-156 TGTCAAAAAGCTAACCATGGATGATGACACAACCACATTCATCAGAGCTAAAAAAGCAATCTCCCCGGAGTTAACAAAATCTAGCGATAAAAATCATGTCATCAAGAATATTACTATATAGCAATTTATACAAACTTCGACAGGATAACAAAAAAG >C10009:0-156 AATAATGTTTGGATCTTGTATCTTTGAACTTTTCTTCTTTTTGTATTTTTAAGAATATGACAAAAATTCCGGAAATTAATATTGCAAGAAATTATCAAAAAATGTCCAGACTTCATCAACTTCCGGCCGATTTTTCGGATCAATGTCCCAACAACG
!grep -Ev '>' /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Other.fa > /Users/claireellis/Desktop/Other_nucleotides
!wc /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Other_nucleotides
81736 81736 297331540 /Volumes/web/Mollusk/174gm_analysis/GenomeTracks_Fastas/Other_nucleotides
# The number of nucleotides for Other regions are 297331540
! head /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa
>scaffold360 TATTCATATATCATTGAGAATGACAGTTTAAAACAGGATTTTTAATTGTGTTTAATAGGCGACCAACATTTAAGTGTCATTTGTTGAGTTATAAGCGAGTTAAAAAGCTTGTAGTTCTTCGCTATGGAAACAAAACTTTACATTTTGTTTACATTTCAGTTTTAGACCTCAAATGAATGTTTTTATCGTTAGGAACTGTTTATTTATGCTTTAAATTGATAAGAAGATTGACAAATCAGCTTGAAAAAGATTTTTTACTGGTGTATTGAACCCAGATGTA >scaffold18356 TTAAACTGGTACAACAGTATATCCAAGAGAAAAAGGACTTTATAAACAATTTAGAACAACATTGTGGGTCGGATCGGAATTCAAGAACACAGGATCCATTGATGGCTTCTACTATGAAGGGCGATACTACCGCTTGGGGTGACGTCAAATACACTCCGTCATCGACAAAATCTCCTGGATTGTATCCATTACAGGAATTGAAGAAATAACTTTCAATGTAAACAATTTACAAAGATATACATATCTTACGTGAATATCTGGCATGGAAACAACACCTACATGATAGAATAAGACAATATTTCCTACGATACATCCATGGGACATGAAGAAAGTGAAACAGTGTATATCCATATTTAAATTATTATTATAACCGTGTAATCCAAAATGAATTTTATTCCTTCTCATCAGTAAGTACACTGAAAATTGACTACTAAGAAGAGGAAAACACAGAAACGCTAGTTACAACCGATGACCGTTATGAACATAATGCGATTATTTCAGTGAACCGTGTATTAGTGATTTCCTATGTAGGAAGGATTAATATAATTTGCTTCCTATTAGTGTAAT >scaffold20428 AGAAATTATCCAGGGGTATATTCAGTAATTAAATTTGAAAAAAAAATTGGTTTCAACATATTTTATTGAATAAGGAAAATAGTTTGTATAACTTTAGTTACAAGTTCCTCTTTCTCAATTACTAGAAACTGAATACAACATGATAGAAGAAAATTAGATTTACAGGAATCAATTTTAATTGAGACACACTTGCTATATTGGGGTAGTGACACTTTCTTATAACACAAACTGCTTTTATTTTTTCAGCAGTTCAAAACTTTATTTAAGAGTCTGGAAGATTTTTAAATAATTAATTTTCTTTTTGTTATGGCTATTCTTACACCGTATATCACTCTATTTACCATACAATCACATTTTGTTTTGTTAATGCATGTTTAGGAATATAATTACTATAAAGTCAATATCTACAAATATAATGCATTATCACTATGGCAGTTGTATATATTATACATATTATAATCAAGAGAGAAACATGTAAGTTAAAAGAACTTGTTACCCACCCTCTTGTCCAATAACAATAAAATATGTTCAAATCAAATCAAACAAGAATTGATATACATGTACTAGTATATGGAATTTTTGTTCCTTTTGATGATGTATAGTGAAGAGTTTTTTAACCGCGTCACCTTTCGAATTGAACGTGAAAACCAGCAGGTTGTAAATTTCCTCTACACCATTCTTTTATATTTTTTAATTTTCAAATTTATTGTTGTGATGTTGGCTAAGAATCCTCATTTCAATCCCTTAATTATAATGGTACATGTAAATAAAATGGCGAGTGTCTATCTATGACGTACAAAGGAAGAAGCACTTTCCGGTGACGTAGTTATCACAATGCCCATACAGTGCTTGTCGATTTTATCAACTTTGATAAATAGGTTAAGTTGTATGTATACTGTATAGAATTCATGGATCCAAGGTCATGTAATAATCAACGCAAATTCCATATTGTGTTGAACATCAATTTAGTTTGTGTTATAAATTTGTAAAAGTTTATACATTCATACAAGCACCTGCTGTA >scaffold18720 TCATGCCGATGATTTATCATACAAACATACGAGAGAAGTATTTAATAAAGCTGCATTTAGGATAATTATATCATTTTGCCATGCCATGACATATTCTGATCATCTCACATCATTGATAAAAAATTGTGCCTTTAATTCCTACCCTAAAATTAAATATTGAATATTATCATAATATTAAATTCAGTTACCTTAGATGTTCCTTTACTTGAGCCGATAAACTGCATGGTTCTATTCATCTTCACAAATAATATAGGAGACAGCCATGTCACCGAGTTTGAACGTCAGCAGGAGGATGTCTGTACAAAAAAATTGCCTTTAATTTGCTTTCAAATTTTCATTTTAAAGTATTGAGAACATTATTGTATAATAATCACCCATATATAATAAAAATCTGTAAAAGAACATCTGCATACTTACATTATTCCTACAGGCAGCCATGATGATAGCATAAGATCAAGTTACTCTGATGGATTTGTCAAAAATGACATCACAGTTCTTTTGGCGGTAATGTTTCATTCACGAGTGCAGAAAAGTTACTATGCATTGATACTGCATTTCATAAATAGTGTAGACAAGTAAAATGCTTCATGATGGACACACATAATATAGTCATGTACATTTAAAAAAA >scaffold23246 GAATTGATTTGCCACAATTTTTTGTGTGGTCAATCTAAACTAGGTTCCTCAGCTCTGTTTCTAAATTAGCATTCTGTCCTTTTTCAGAATAAAATTTTGCACAACTAACCAGGATCTTGTTAACAATTTTGAGTTAAGTCTAAATATAAATTCAAAAAATCATTTAGAGTTATTAGTAACATGATATACTAGTGTAAGTCATTTTTTGAGAATTCCCAAATGTTCTTTCTGTTGAGTGAAGATACATGTAGGTCACGAATCTGGCACGTTTCCATTTTTTGTAAACTTGTAAAATAAAACATTTTAAAAATTTTTAAAGTAAAAAGGTGGCATTTACAAAATCTGTTTTTAGTTATAAAGAACAATCATATTTAAAATATATAAAAATGCTGTCTTTGGACTCCGAATAATATTCCAAATATATTGTCTGAAAGTTGGACAATTTTCTACTTCAAATATATTATAATACGTACGTGTATTTCCGAATCTGTAGTCTAGCAATGGGTTAACATTGTCACATAAAATTGCATGTTATGGGAAAAACCGGACATTCTATATTTTACTAAACTGTACGGTTGCTTCAACCCATATTGTTTAAAAGCAATGCGATTAAATCAAAGGAAAGCATGGTCAAATGGGAATTCAAATATATAAGTTAAAGAGGAAAAAACAAAACCATTTTATAAACTCGTATATATTTCACTATTAATGAAATAAAAAATAAGCAGTCTCACATGCCCACACACCCCATGACTTGGCAATGCTACACATTACAAATGGCAGAGTACCCTTTATATACCCTTAATAATAACATGGACATAACCACAAAAATCAAAGTACTGAAGTACTTAAACCCGGACTCTTTCGGTGTAATTATGCACATAGTGTAGTTAAATATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTATAATGCTTTGTAAAGAAGTTCATTGAATTAAGAAGAAATTAAACAATAGGAAATAAAAGGAAATTTTAAAAGTTCAGCATGATTCTAAGTTGCTCATGGCTACAGAAAAATGTATAAACTTACCTTTTGATGATGTAACGAAAGCACAGACTGCAAATGTAAAGATTACACCCTTCATTCTATATGAATGTCTATAACTAGGAAGACAGGCTATTTAAATACAAACCTGTTTATGTGATTTTATTTTTAGAAATAACTAAAGTTAGAGCAATACGCAAGTTAAACATGTGGGTGATAGAAATGCATGCAAAACACAGTTACGTCTCTTCAAGCCTTATCAGGCCTTCTCGGCAAAGTTTAGAAAGCATTTTAAATGCATCTGGCATATTCACTTGGTTTTACTTTCCACCTCTTGTATACTGACTGTTGTGATACATTGTACAGTTTAAAATTTAGATAAACTTTTCTTATTATTTGGACTTGATTTCATTTCCAAGAATAATTCTATCCTGTTTTGATTAGCACTGCATATTGAATATTTTCACAAAGTGTTTTATTGTTGCGCGTGTATCTATAGTCTGTTCCAAGTTACACTGACTTTTTTTAATGATTTTGAACAAAAACATGTATACACATATACGTATAACAATACAAGTAAAGTAATAAAGCAAACGTTATTGAAATTAATGATAAAAAAGTGCAAAGACTATTTGTAAAAATACATGTAATCATCAAAAGAACACTATACAGTATAGTCATATGCATAAAAAAAATCAATGGTGTTACTCGTTTATTCTGGAATCTGATATGTAAACTTAAAAAGTCATGAATGTTATAAAACTGTTGATTTTTATTGCTTGATTTTTAATTGGACGATAGTATTAACATGCATTATTACTCTGTTATGTTGAGTATTTATTTTATTTATTCATTTGGTCGAAATTTATCGGCATAATTTGTCGTTATTTTCAAATTTCTGGCGGCATTATTATTCAGTGTTTTAAAATGATTATCACATGACCAA
!grep -Ev '>' /Volumes/web/cnidarian/oyster.v9.fa > /Users/claireellis/Desktop/WholeGenomeNucs
! head /Users/claireellis/Desktop/WholeGenomeNucs
TATTCATATATCATTGAGAATGACAGTTTAAAACAGGATTTTTAATTGTGTTTAATAGGCGACCAACATTTAAGTGTCATTTGTTGAGTTATAAGCGAGTTAAAAAGCTTGTAGTTCTTCGCTATGGAAACAAAACTTTACATTTTGTTTACATTTCAGTTTTAGACCTCAAATGAATGTTTTTATCGTTAGGAACTGTTTATTTATGCTTTAAATTGATAAGAAGATTGACAAATCAGCTTGAAAAAGATTTTTTACTGGTGTATTGAACCCAGATGTA TTAAACTGGTACAACAGTATATCCAAGAGAAAAAGGACTTTATAAACAATTTAGAACAACATTGTGGGTCGGATCGGAATTCAAGAACACAGGATCCATTGATGGCTTCTACTATGAAGGGCGATACTACCGCTTGGGGTGACGTCAAATACACTCCGTCATCGACAAAATCTCCTGGATTGTATCCATTACAGGAATTGAAGAAATAACTTTCAATGTAAACAATTTACAAAGATATACATATCTTACGTGAATATCTGGCATGGAAACAACACCTACATGATAGAATAAGACAATATTTCCTACGATACATCCATGGGACATGAAGAAAGTGAAACAGTGTATATCCATATTTAAATTATTATTATAACCGTGTAATCCAAAATGAATTTTATTCCTTCTCATCAGTAAGTACACTGAAAATTGACTACTAAGAAGAGGAAAACACAGAAACGCTAGTTACAACCGATGACCGTTATGAACATAATGCGATTATTTCAGTGAACCGTGTATTAGTGATTTCCTATGTAGGAAGGATTAATATAATTTGCTTCCTATTAGTGTAAT AGAAATTATCCAGGGGTATATTCAGTAATTAAATTTGAAAAAAAAATTGGTTTCAACATATTTTATTGAATAAGGAAAATAGTTTGTATAACTTTAGTTACAAGTTCCTCTTTCTCAATTACTAGAAACTGAATACAACATGATAGAAGAAAATTAGATTTACAGGAATCAATTTTAATTGAGACACACTTGCTATATTGGGGTAGTGACACTTTCTTATAACACAAACTGCTTTTATTTTTTCAGCAGTTCAAAACTTTATTTAAGAGTCTGGAAGATTTTTAAATAATTAATTTTCTTTTTGTTATGGCTATTCTTACACCGTATATCACTCTATTTACCATACAATCACATTTTGTTTTGTTAATGCATGTTTAGGAATATAATTACTATAAAGTCAATATCTACAAATATAATGCATTATCACTATGGCAGTTGTATATATTATACATATTATAATCAAGAGAGAAACATGTAAGTTAAAAGAACTTGTTACCCACCCTCTTGTCCAATAACAATAAAATATGTTCAAATCAAATCAAACAAGAATTGATATACATGTACTAGTATATGGAATTTTTGTTCCTTTTGATGATGTATAGTGAAGAGTTTTTTAACCGCGTCACCTTTCGAATTGAACGTGAAAACCAGCAGGTTGTAAATTTCCTCTACACCATTCTTTTATATTTTTTAATTTTCAAATTTATTGTTGTGATGTTGGCTAAGAATCCTCATTTCAATCCCTTAATTATAATGGTACATGTAAATAAAATGGCGAGTGTCTATCTATGACGTACAAAGGAAGAAGCACTTTCCGGTGACGTAGTTATCACAATGCCCATACAGTGCTTGTCGATTTTATCAACTTTGATAAATAGGTTAAGTTGTATGTATACTGTATAGAATTCATGGATCCAAGGTCATGTAATAATCAACGCAAATTCCATATTGTGTTGAACATCAATTTAGTTTGTGTTATAAATTTGTAAAAGTTTATACATTCATACAAGCACCTGCTGTA TCATGCCGATGATTTATCATACAAACATACGAGAGAAGTATTTAATAAAGCTGCATTTAGGATAATTATATCATTTTGCCATGCCATGACATATTCTGATCATCTCACATCATTGATAAAAAATTGTGCCTTTAATTCCTACCCTAAAATTAAATATTGAATATTATCATAATATTAAATTCAGTTACCTTAGATGTTCCTTTACTTGAGCCGATAAACTGCATGGTTCTATTCATCTTCACAAATAATATAGGAGACAGCCATGTCACCGAGTTTGAACGTCAGCAGGAGGATGTCTGTACAAAAAAATTGCCTTTAATTTGCTTTCAAATTTTCATTTTAAAGTATTGAGAACATTATTGTATAATAATCACCCATATATAATAAAAATCTGTAAAAGAACATCTGCATACTTACATTATTCCTACAGGCAGCCATGATGATAGCATAAGATCAAGTTACTCTGATGGATTTGTCAAAAATGACATCACAGTTCTTTTGGCGGTAATGTTTCATTCACGAGTGCAGAAAAGTTACTATGCATTGATACTGCATTTCATAAATAGTGTAGACAAGTAAAATGCTTCATGATGGACACACATAATATAGTCATGTACATTTAAAAAAA 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!wc /Users/claireellis/Desktop/WholeGenomeNucs
11969 11969 558613125 /Users/claireellis/Desktop/WholeGenomeNucs
# The number of nucleotides in the oyster genome is 558613125